Если у вас после установки модов в игре стали появляться треугольники с восклицательными знаками, то значит вам нужно сделать  следущее: Прописать значение Fallout.ini (откройте его текстовым блокнотом. Найте его можно по пути Мои документы>My Games>Fallout 3) Теперь нужно найти строку bInvalidateOlderFiles и удостовериться что значение равно 1, тоесть так   bInvalidateOlderFiles=1  Если стоит не 1 а 0 то заменить значение на 1 и сохраните текст. Это нужно, чтобы игра находила нестандартные файлы в папке с игрой.

Ещё нужна программа ArchiveInvalidation_Invalidated. Она прописывает все все нестандартные файлы в файле ArchiveInvalidationInvalidated!.bsa . Её вы можете скачать на этом сайте в разделе Файлы>Программы . Извлеките всё из архива в папку с игрой. Запустите её и нажмите Activate. Теперь можете закрыть. 

Если не помогло, то дело в модах. Если у вас огромное количество модов то убирайте по несколько ненужных по вашему мнению модов и проверяйте в игре.